Après la deuxième moubayâ (publique), l’Emir a jugé nécessaire d’organiser son Etat administrativement et militairement, d’unifier les rangs du peuple au sein d’un état moderne dans le cadre des principes islamiques et de l’orienter vers le but suprême , à savoir la guerre  pour la cause de Dieu. Il prit Mascara comme capitale de son Etat et siège de son gouvernement, d’autant qu’il mit en place l’appareil administratif central d’un gouvernement regroupant des ministères, un conseil consultatif ainsi que d’autres appareils.

L’Administration Centrale

Elle regroupe les nidharas, le bureau de rédaction et correspondances, le haut conseil consultatif princier, la hijaba ainsi que d’autres fonctions. Il nomma Mohammed Ben Larbi au poste de ministre, attribua le ministère des affaires étrangères à Abu Mohammed el Hadj el Miloud ibn Arrach, celui des biens waqf à el Hadj Tahar Abu Zayd, le ministère des impôts et de la zakat à El Hadj Abu Mohammed al Jilani, le ministère du trésor à el Hadj Jilani Benfreha. Il nomma comme secrétaires son cousin Ahmed ibn abu Taleb et el Hadj Mohamed el Kharroubi. Le protocole fut confié à Mohamed ibn Ali ar-rahawi.

Le Haut Conseil consultatif princier regroupe onze membres choisis parmi les plus grands savants et notables, présidés par le doyen des juges Ahmed al Hachemi al Marahi qui représente l’Emir. Le conseil discute des affaires au sujet desquels il émet des jugements. Il  dispose d’un registre spécial.

Selon le découpage administratif dans l’Etat de l’Emir le nombre de circonscriptions administratives a atteint huit, chacune d’entre elles est subdivisée en Aghalik (daïra).  A la tête de chaque daïra, est désigné un superviseur ayant titre « d’agha ». Chaque daïra regroupe un certain nombre de tribus, avec à la tête de chacune d’elles un caïd et à la tête de chaque douar ou arch (famille élargie), il y a un cheikh.

A l’époque de l’Emir, la circonscription était dirigée par un khalifa désigné par l’Emir lui-même qui plaçait sous l’autorité directe du khalifa des unités de l’armée régulière de cavalerie et fantassins. La durée de son mandat n’était pas limitée dans le temps et il est assisté par un conseil consultatif local, sorte de prolongement du conseil consultatif central.

Le khalifa disposait de prérogatives étendues parmi lesquelles la collecte des impôts et le maintien de l’ordre public dans le cadre de sa circonscription. De même qu’il joue le rôle d’intermédiaire entre l’Emir et l’agha au niveau de la daïra.

L’agha était désigné pour une année par le khalifa et parfois par l’Emir lui-même et son mandat pouvait être prorogé.

L’agha dispose d’autres prérogatives parmi lesquelles la désignation du caïd dans la tribu pour une durée d’une année également.

Au bas de la pyramide, on trouve le cheikh de la tribu désigné par élections, dont le rôle consiste à assurer le maintien de l’ordre et la sécurité aux  frontières dans le cadre de son arch.

Outre cette organisation judicieuse, l’Emir avait œuvré à la mise en place d’une monnaie considérée comme l’un des symboles de la souveraineté. Sur ses deux facettes, était frappé le verset suivant : « Quiconque recherche une religion autre que l’Islam, verra cela rejeté ».

Puis, il dessina un étendard au milieu duquel figure une broderie de couleur dorée avec sur l'un des côtés « Le triomphe sera accordé par Dieu et la victoire est proche » et sur l’autre côté l’expression : "Le défenseur de la religion (Nacer Eddine) Abdel Kader ibn Mohieddine".